Struktura KSM:
Krajowa Rada KSM
Najwyższym organem KSM jest Krajowa Rada Stowarzyszenia wymieniona w § 9 Statutu.

Prawa i obowiązki Krajowej Rady określa Statut Stowarzyszenia (§28) oraz Regulamin Rady.

W skład Rady wchodzą:

Prezesi
Delegaci i Księża Asystenci Zarządów Diecezjalnych KSM
Generalny Ks.Asystent.
Członkowie Krajowej Rady w razie niemożności uczestnictwa w niej winni delegować w swym zastępstwie osobę z Zarządu Diecezjalnego. Rada wybiera raz na 2 lata Prezydium Rady w skład którego wchodzą: przewodniczący, 2-ch zastępców, sekretarz, skarbnik oraz Generalny Ks.Asystent, powołany na to stanowisko przez Konferencję Episkopatu Polski. Procedurę wyboru Prezydium Rady, jego prawa i obowiązki określa Statut Stowarzyszenia (§ 31) oraz Regulamin Rady.

Komisja Rewizyjna
Na szczeblu krajowym działa również Komisja Rewizyjna wybierana na okres 2 lat przez Krajową Radę. Komisję tę tworzą: przewodniczący, zastępca i członek. Prawa i obowiązki Komisji Rewizyjnej określa Statut Stowarzyszenia (§ 32) oraz Regulamin. Krajowa Rada ma obowiązek zbierania się przynajmniej raz w roku. Prezydium Krajowej Rady Krajowa Rada wybiera raz na 2 lata Prezydium Krajowej Rady w skład którego wchodzą: przewodniczący, 2-ch zastępców, sekretarz, skarbnik oraz Generalny Ks. Asystent, powołany na to stanowisko przez Konferencję Episkopatu Polski.

Do zadań Prezydium Krajowej Rady należy:

realizacja bieżących celów Rady
wykonywanie postanowień Rady
zwoływanie Rady
przedstawianie Radzie propozycji działań ogólnopolskich, kierunków formacyjnych
reprezentowanie Stowarzyszenia w kontaktach na szczeblu krajowym i zagranicznym, wobec władz kościelnych i świeckich.
Na szczeblu krajowym działa również Komisja Rewizyjna wybierana na okres 2 lat przez Krajową Radę. Komisję tę tworzą: przewodniczący, zastępca i członek.

Zadaniem Komisji Rewizyjnej jest:

czuwanie nad działalnością statutową Stowarzyszenia
kontrola działalności finansowej
składanie sprawozdań ze swej działalności wobec Krajowej Rady Stowarzyszenia
występowanie z wnioskiem do Prezydium Rady o nadzwyczajne zwołanie Krajowej Rady Stowarzyszenia Zjazd Diecezjalny
W diecezji KSM powołuje biskup diecezjalny specjalnym dekretem, nadając mu tym samym osobowość prawną kościelną. Równocześnie mianuje Księdza Asystenta jako swego przedstawiciela do pracy w Stowarzyszeniu, który wchodzi w skład Zarządu Diecezjalnego.

Najwyższą władzą Stowarzyszenia w diecezji jest diecezjalny Zjazd Stowarzyszenia, w którym biorą udział zgodnie ze Statutem (§ 33) prezesi oddziałów parafialnych i kół środowiskowych, księża asystenci oraz z wyboru po jednym delegacie wybranym podczas zebrań oddziałów lub kół Stowarzyszenia.

Zarząd Diecezjalny.
Przedstawicielem Stowarzyszenia w skali diecezji jest Zarząd Diecezjalny wybierany podczas Zjazdu Diecezjalnego zgodnie ze Statutem Stowarzyszenia (§ 34) oraz Regulaminem Wyboru Zarządu Diecezjalnego.

Diecezjalny Zarząd KSM tworzą:

prezes (mianowany przez biskupa diecezjalnego spośród trzech kandydatów wybranych podczas Zjazdu),
z-ca prezesa,
sekretarz,
z-ca sekretarza,
skarbnik,
2-ch członków
Ksiądz Asystent.
Jeden z członków Zarządu jest równocześnie delegatem do Krajowej Rady.

Na szczeblu diecezjalnym powoływana jest podczas diecezjalnego Zjazdu na okres 2 lat Komisja Rewizyjna w składzie: przewodniczący oraz 2-ch członków. Jej prawa i obowiązki określa Statut Stowarzyszenia (§ 37) oraz Regulamin.

Obowiązki poszczególnych członków Zarządu Diecezjalnego określa Regulamin Prac Zarządu Diecezjalnego.

Walne zebranie oddziału/koła Oddział parafialny jest podstawową jednostką strukturalną stowarzyszenia. Nowy oddział powoływany jest przez Zarząd Diecezjalny za zgodą księdza proboszcza, który też wyznacza do opieki nad oddziałem ks. Asystenta. Najwyższą władzą w oddziale jest walne zebranie członków, które raz na dwa lata wybiera 5-osobowe kierownictwo oddziału oraz 3-osobową komisję rewizyjną.
Kierownictwo oddziału/koła.
W skład kierownictwa wchodzą:

prezes
z-ca prezesa
sekretarz
z-ca sekretarza
skarbnik.